Hola! Depende de la variedad que sea, aunque la mayoría se trasplanta ahora en primavera. Yo creo que ya podrías moverlas o en cuanto crezcan un poquito, porque tienen hojitas verdaderas, o al menos quitar algunas para dejarles más sitio, pueden estar perfectamente en maceta pero yo dejaría una...
Lo del "culo" marrón puede ser podredumbre del tomate y si las hojas están algo deformadas puede que sea por regarlas irregularmente, por ejemplo una vez a los dos días y la siguiente a la semana, o por cambios bruscos de temperatura, o puede que le falte calcio. A mi me pasaba cada año y el año...
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