Enfermedad? Aspecto raro del tallo en cítricos

Buenas tardes,
Escribo porque el día 31 de marzo puse a germinar, por primera vez, semillas de mandarina y de limón. Germinaron todas (para mi sorpresa y alegría), y más o menos al mes las trasplante de los vasitos de yogur donde estaban, a unas macetas un poquito más grandes.
Desde entonces creo que he tenido un poco de ansia y exceso de entusiasmo y no se si he ido acumulando errores...te cuento:
Decidí sacarlas al balcón, exponiendolos al aire y al sol directo...no se hasta que punto esto es buena idea...pensé que así sería como estarían en la naturaleza y que les haría estar más fuertes, pero no se yo, con estos últimos días de viento, dos plantitas se doblaron y les he tenido que poner un alhambre para sujetarlas...
Además de esto, y es el motivo principal de la consulta, he obsrevado unos cambios un poco raros en la base del tallo de las plantas, te voy a adjuntar una foto para que lo puedas ver...yo no se si es algo malo, o si es algo normal que forma parte del desarrollo de la planta, pero estoy un poco preocupada!
También tengo dudas sobre la cantidad de riego...las estaba regando todos los días y vi que algunas hojas se estaban como "cerrando" o arrugando, mire por internet y vi que eso era síntoma de exceso de agua, así que ahora las estoy regando un día sí un día no, e intengo comprobar si mantienen la humedad abajo, metiendo un palito.
Me gustaría mucho que me dijeras si les estoy dando el tratamiento adecuado, y si eso que he observado en la base es algo malo o es normal, y tambien si crees que es mejor que las tenga fuera en el balcón o las aguante más tiempo dentro de casa. Gracias!
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Las fotografías no se ven muy bien.
Hay un acogotamiento en el tronco?

 

Dia si, dia no, de riego sigue siendo mucho, con regalas dos veces en semana en julio sobra, siempre con bastante agua, como para que salga por el desagüe y si le tienes puesto un plato debajo, le retiras el agua cuando terminen de drenar
La planta que esta en la maceta con el tallo negro, puede ser un mal síntoma, pues puede ser Pithium, o pie negro o una fitoftora. A esa riégala aun menos y yo lo haría poniendo la maceta en un cubo con agua, pero que le quede un centímetro para llegar a la altura de al tierra, la dejas una hora y luego la sacas hasta la semana que viene

 

Hola! Gracias a los dos por vuestra respuesta...en primer lugar, evidentemente, voy a reducir el riego..en cuanto a lo del "acogotamiento"...no se muy bien a lo que te refieres...lo que se ve es como que de repente le salió en la base del tallo una parte como marrón y muy fina, que es claramente distinta, visualmente y en apariencia, al resto del tallo. Si os fijais está la semilla, un trocito verde y luego enseguida como esta parte marrón rara, y luego otra vez verde...no sabía que hacer asi que las he sacado de la maceta y las he envuelto en papel de cocina, pensaba dejarlas así hasta mañana para ver si es exceso de humedad, y aún tenía arreglo...pero no se que hacer jolín..

 

He estado mirando más, y buscando información en relación al "acogotamiento" que señalabais y he visto que tiene toda la pinta de ser el hongo ese Pithium....no se si hay algo que pueda hacer o es demasiado tarde...he visto por internet que puedo usar un preparado de agua y ajo que resulta ser un fungicida que tal vez me ayudaría...pero la verdad es que no se si aún tiene salvación! @plaquero, no he entendido muy bien lo del riego con el cubo de agua, te refieres a sumergir la maceta en un cubo con agua??