En principio no debería pasarle nada, siempre y cuando no cortes las ramas principales. Mira aquí http://articulos.infojardin.com/Frutales/poda-naranjo-mandarino-limonero.htm , será como una poda de rejuvenecimiento pero un poco más heavy. Un saludo!
Separa los nombres con una coma y un espacio.
