Si te refieres a distintos colores de flor en exactamente el mismo tipo de planta (por poner un ejemplo: un geranio zonal blanco y otro rojo), por supuesto el vigor de la planta no tiene absolutamente ni lo más mínimo posible que ver con el color de la flor. Si hablas de dos tipos distintos de plantas, entonces el vigor puede tener que ver con su variedad o con su especie.
En la mayoría de las plantas el color de flor está determinado por el genotipo (es decir, por la información que contiene su ADN). En general, las plantas de flores blancas contienen alelos (variantes de genes) recesivos, que sólo se expresan en ausencia otros alelos (es decir, cuando están en homocigosis). Para los otros colores la cosa puede ponerse algo más entreverada. Supongamos entonces que estamos tratando con una especie que sólo tiene variantes blancas y rojas. El alelo "blanco", del que ya hablamos, se expresaría solamente en ausencia del rojo. El alelo de flores rojas, sin embargo, se expresaría con el simple hecho de estar presente, más allá de que la planta tenga ambos alelos (heterocigota) o sólo el "rojo" (homocigota). Todo esto se debe a que el color de flor blanco es recesivo (en nuestro ejemplo). Pero, ¿cómo se comporta el alelo "rojo"? Este puede ser dominante sobre el "blanco", codominante o tener dominancia incompleta. En la dominancia, las flores de nuestra planta serán rojas siempre que el alelo "rojo" esté presente, tanto en homocigosis como en heterocigosis. En la codominancia, las plantas homocigotas para blanco (todos los alelos blancos) tendrán flores blancas, las homocigotas para rojo (todos los alelos rojos) tendrán flores rojas, y las heterocigotas (plantas con alelos "blanco" y "rojo" tendrán flores blancas y rojas (generalmente beteadas) -esto es común en el pelaje de los animales-. Finalmente, si nuestra especie tuviera dominancia incompleta, ocurriría algo similar al caso anterior, salvo que las plantas heterocigotas darían flores rosadas. Este es el caso hipotético más simple, y espero que se acerque a responder tu pregunta (con un tímido y dubitativo "sí"). En la realidad muchas plantas tienen más de dos colores posibles, determinados por más de dos alelos y por más de un gen, y que interactúan entre ellos con diferentes combinaciones de dominancias, codominancias y dominancias incompletas. Así que mi respuesta final es "depende". Para entender mejor, puedes leerte las leyes de Mendel. Saludos!
