Agua muy verde, me gustaría que no estuviera verde

Hola otra vez a todos
Aguadulce, por fin tengo todo para hacer el filtro menos el tubo corugado que lo compraré esta tarde.
Tengo una gran duda. ¿Tiro otra vez todo el agua del estanque para que no se manche tanto el filtro para empezar? Esta muy verde. Hasta dentro de unos días no tendré plantas flotantes, solo tengo el nenufar con su 4 o 5 hojas y la flor semanal.
Ayuda, no se que hacer.
Saludos