El rizoma tiene que quedar descubierto total o parcialmente o por lo menos que las yemas de crecimiento queden descubiertas. Si se entierra mucho podría llegar a pudrirse por falta de ventilación, pero no va a ser tu caso porque tampoco es que lo tengas muy enterrado. De todas formas, si no quieres quitarle ese montoncito de sustrato, ya irá desapareciendo por sí solo al ir regando.
